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重庆海关是长江上游第一关，始设于1891年，历经晚清、民国等重要历史时期。1890年3月中英签订《烟台条约续增专条》，重庆被迫辟为通商口岸。1891年3月1日，重庆对外开埠并设关。抗战期间，重庆成为国民政府的陪都和当时海关总税务司署的所在地，重庆海关也一度成为当时全国最大的海关之一，先后在成都、万县等地设有分关，在贵阳、遵义、内江、宜宾、涪陵等地设有支关和分卡。1950年初，政务院裁撤重庆海关。
十一届三中全会以后，为适应改革开放的需要，1980年5月，国务院批准成立正处级的中华人民共和国重庆海关，关区范围包括四川全省总面积56万多平方公里。1984年7月，重庆海关升格为正厅级，下设成都分关。1989年7月成都海关直属海关总署，重庆关区除重庆市外，还辖有川东和川南共58个县(市)，关区面积23万平方公里。1997年3月，八届全国人大五次会议通过设立重庆直辖市的决议，同年8月1日，海关总署调整重庆关区范围为重庆市行政区划，面积8.24万平方公里。经国家批准，重庆关区设有江北机场、寸滩港2个正式对外开放口岸和中铁联集铁路中心站临时开放口岸，设有重庆两路果园港综合保税区、西永综合保税区、江津综合保税区、永川综合保税区、涪陵综合保税区、万州综合保税区等6个海关特殊监管区域。
2018年3月，十三届全国人大一次会议审议通过《国务院机构改革方案》，明确“原国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”。根据海关总署对重庆海关职能配置、内设机构和人员编制的批复，目前，重庆海关机构改革工作已正式完成，现有正处级内设机构15个，正处级机构3个，6个派驻纪检组和12个正处级隶属海关单位，关员共800余人。
